Als Kurfürst Joachim II. 1539 mit der “Spandauer Kommunion” die Reformation in der Mark Brandenburg einführte, wollten er und seine Mitarbeiter damit keine neue Kirche gründen. Sie wollten vielmehr innerhalb der Kirche Mißstände beseitigen und gerade so in der Kontinuität der einen, heiligen, katholischen und apostolischen Kirche verbleiben. Dieses katholische Selbstverständnis kommt auch in der Brandenburger Kirchenordnung von 1540 deutlich zum Ausdruck.

Als König Friedrich Wilhelm III. anläßlich der Reformationsjubiläen 1817 und 1830 in Preußen die Union zwischen der lutherischen Kirche und der reformierten Kirche, der er selber angehörte, durchführte, wollten die Gegner dieser Union ebenfalls nicht eine neue Kirche gründen, sondern nur den Fortbestand der lutherischen Kirche sichern. Als ihnen dies vom König verwehrt wurde, ließen sie sich dennoch nicht davon abbringen, lutherische Gottesdienste zu feiern, in denen das Bekenntnis zur realen Gegenwart von Leib und Blut Christi im Brot und Wein des Heiligen Altarsakraments deutlich und unverfälscht zum Ausdruck kam. In Berlin wurde die erste selbständige lutherische Gemeinde 1835 gegründet. Der König reagierte mit Verhaftungen der Pastoren und drakonischen Strafen; erst sein Nachfolger Friedrich Wilhelm IV. hob die Verfolgungsmaßnahmen gegen die Lutheraner auf und beendete den Kirchenkampf. Unter dem Namen “Evangelisch-lutherische (altlutherische) Kirche in Preußen” wurden die Lutheraner als selbständige Kirche 1845 anerkannt.

Auch in anderen deutschen Ländern regte sich unter lutherischen Christen Widerstand gegen die Einführung von Unionen zwischen lutherischen und reformierten Kirchen und Gemeinden, gegen die Aufgabe lutherischer Abendmahlslehre und -praxis und die Duldung offenkundiger Irrlehren durch die Kirchenleitungen der evangelischen Landeskirchen. So entstanden im 19. Jahrhundert überall in Deutschland selbständige lutherische Gemeinden und Kirchen. Zu ihnen zählten auch die Gemeinden der "Evangelisch-Lutherischen Freikirche in Sachsen und anderen Staaten". Die verschiedenen freien lutherischen Kirchen hielten von Beginn an engen Kontakt miteinander. Nach dem Zusammenschluß der unierten, reformierten und lutherischen Landeskirchen zur "Evangelischen Kirche in Deutschland" wurde die Zusammenarbeit der lutherischen Bekenntniskirchen, die diesem Zusammenschluß nicht beitraten, enger. Schließlich schlossen sich die verschiedenen freien lutherischen Kirchen 1972 auch organisatorisch zur Selbständigen Evangelisch-Lutherischen Kirche (SELK) zusammen.

Die in Zehlendorf ansässigen Lutheraner hielten sich bis nach dem Zweiten Weltkrieg zur lutherischen Gemeinde “Zum Heiligen Kreuz” in Berlin-Wilmersdorf. Nachdem im Juni 1953 die Kirchenleitung der evangelisch-lutherischen (altlutherischen) Kirche eine Villa in der Riemeisterstraße (das heutige Gemeindehaus) erworben hatte, wurde dort im Erdgeschoß ein Gottesdienstraum eingerichtet. Sechs Jahre später wurde neben der Villa eine Notkapelle errichtet. Nachdem die Zehlendorfer Gemeinde bis dahin noch Filialgemeinde der Wilmersdorfer Gemeinde geblieben war, wurde sie am 16. April 1961 zur selbständigen Gemeinde mit eigenem Pfarramt erhoben. Sie berief den Pfarrvikar Jobst Schöne zu ihrem ersten Pastor und gab sich den Namen “Evangelisch-lutherische St. Mariengemeinde zu Berlin-Zehlendorf”. Am 18. Februar 1973 konnte die neue St. Marienkirche geweiht werden. Seitdem ist die St. Mariengemeinde immer weiter gewachsen; sie ist heute die größte Gemeinde der SELK in Berlin.

Die Dreieinigkeitsgemeinde in Steglitz kann auf eine längere Geschichte zurückblicken: Die Anfänge einer Gemeinde der "Evangelisch-Lutherischen Freikirche in Sachsen und anderen Staaten" in Berlin reichen bis ins 19. Jahrhundert zurück. Ein deutliches Wachstum hatte die Gemeinde seit dem Ersten Weltkrieg zu verzeichnen; bald darauf begann sie, ihre Gottesdienste in der Paul-Gerhardt-Kirche in Berlin-Schöneberg zu feiern. In den 20er Jahren hatte die Gemeinde dann ein solch schnelles Wachstum zu verzeichnen, daß sie 1924 in drei selbständige Gemeinden der Evangelisch-Lutherischen Freikirche aufgeteilt wurde, von denen eine die "Dreieinigkeits-Gemeinde Berlin-Süd" war. Schnell machte man sich an die Errichtung eines Kirchgebäudes, der Dreieinigkeitskirche, die am 26.2.1928 geweiht werden konnte. Die Kirche brannte 1943 nach Bombentreffern aus. Nachdem die Gottesdienste anschließend zunächst in einer Notbaracke und später im Gemeinderaum im Keller gefeiert wurden, konnte die Kirche selber 1953 wieder geweiht werden. 1947 schlossen sich die Glieder der evangelisch-lutherischen Immanuelsgemeinde in Berlin der Dreieinigkeitsgemeinde an; viele dieser Glieder haben das Gemeindeleben der Dreieinigkeitsgemeinde in den folgenden Jahrzehnten wesentlich mitgeprägt. Nach dem Zweiten Weltkrieg war an die Dreieinigkeitsgemeinde über viele Jahre auch ein evangelisch-lutherisches Kinderheim, das "Haus Wartburg", angeschlossen, das das Leben der Gemeinde wesentlich mit geprägt hat. Nachdem die Dreieinigkeitsgemeinde bereits in den Jahren zuvor immer enger mit der St. Mariengemeinde in Zehlendorf zusammengearbeitet hatte, beschloß die Gemeindeversammlung der Dreieinigkeitsgemeinde im November 2005, sich ganz der St. Mariengemeinde in Zehlendorf anzuschließen. Die seelsorgerliche Betreuung der Glieder der Dreieinigkeitsgemeinde wurde mit dem 1. Januar 2006 vom Gemeindepfarrer der St. Mariengemeinde, Pastor Dr. Gottfried Martens, übernommen. Damit hört die Dreieinigkeitsgemeinde als eigenständige Gemeinde auf zu existieren. Ihr Kirchgebäude bleibt jedoch ebenso erhalten wie ihre Geschichte, die sie in die nunmehr vereinigte Gemeinde einbringt.